全国首个百纳秒级蛋白小分子动态构象数据集上线“智爱赛思”科学智能开放社区

5天前 阅读数 200 #综合


近日,由上海思朗科技股份有限公司(以下简称“思朗科技”)构建的首个百纳秒级蛋白小分子复合物动态构象数据集,正式上线“智爱赛思”科学智能开放社区平台,并面向学术研究与产业研发开放调用。该数据集覆盖超一万套源自实验结构与文献测定的蛋白–配体体系,单条轨迹模拟时长达100~500纳秒,把晶体结构中的静态结合快照,系统性地扩展为可规模化学习的动态过程,为AI研究与药物开发提供了此前公开数据中稀缺的百纳秒级长时程动态数据。

【图1:PDB  ID:小分子/靶点,1HPV:安普那韦/HIV-1蛋白酶)】




数据规模:

超一万套体系,两档时长全覆盖,持续生产中

依托自主研发的天穹3D科学计算机,思朗科技构建了这一动态构象数据库:其中四千套体系完成500纳秒分子动力学模拟,六千套完成100纳秒模拟,累计模拟时长约2.6毫秒。数据集仍在持续生产,规模与覆盖还将继续增长。本次在智爱赛思社区平台首批开放其中50套代表性体系,供学术界与产业界参考、使用;其余数据可通过与思朗科技洽谈合作的方式按需获取。由此,数据集既保证了开放共享的公益性,也为后续深度合作与定制化生产预留了空间。


【图2:智爱赛思社区平台数据集详情页】



模拟时长:

100~500纳秒两档长时动力学,纳秒级密度连续采样

长时程,是这批数据真正的壁垒,也是它与既有公开数据最本质的区别。此前国内外已公开的蛋白–小分子动力学数据集,单条轨迹时长多在10纳秒量级,或依赖增强采样得到加速短轨——看得见“结合的瞬间”,却看不清“结合的过程”。结合本不是一个瞬间,而是配体在口袋中驻留、重取向、局部逃逸,以及蛋白柔性、口袋开合与界面重排共同演化的过程。


100~500纳秒的长时程连续观测,使这些微观事件不再被截断为短轨迹中的偶然片段,而成为可统计、可比较、可建模的时间结构。由此,数据不再只服务于结构展示,而能够支撑亲和力预测、结合稳定性评估、动态口袋与隐秘位点发现,并为微观世界模型提供高保真的物理过程监督:让模型学习的不是“分子看起来像什么”,而是“相互作用如何随时间发生”。


围绕这批数据,思朗科技建立了一套从生产到交付的完整标准:所有模拟都在“天穹”3D科学计算机上自动完成,产出的每一条轨迹都经过严格的质量检验,并以统一、规范的格式交付科研人员拿到手,无需额外处理,就能直接用于AI模型训练,打通从科学计算到人工智能之间的“最后一公里”。



应用场景:

从“看见结合”走向“理解、预测、生成结合”

这一发布的意义,不在于再增加一套结构库,而在于把我国AI for Science的数据底座,从静态坐标推进到动态物理过程。当亲和力、稳定性、口袋演化与微观世界模型开始共享同一套长时程、可溯源、可治理的动态构象,智能药物设计才真正具备从“看见结合”走向“理解结合、预测结合、生成结合”的基础。


此次蛋白小分子动态构象数据集登陆智爱赛思社区平台,是国产科学计算算力与AI4S数据基础设施底座的一次深度协同。未来,思朗科技将持续扩充动态构象数据库规模,并与上海仪电等生态伙伴深化合作,共同夯实面向科学智能的动态数据底座,助力AI for Science从模型创新走向规模化产业应用


点击底部阅读原文即可跳转“智爱赛思”科学智能开放社区



关于我们 / About us


思朗科技成立于2016年,是一家深耕于科学智能的高科技半导体独角兽企业,团队脱胎于中国科学院自动化研究所,致力于国产高性能算力芯片的设计和应用,为科学智能提供自主可控的算力基础设施和行业高质量科学数据集。


作为自主创新架构先行者,思朗科技拥有万亿次代数运算微处理器MaPU的完整自主知识产权。MaPU架构凭借创新的指令集架构、处理器、计算体系架构,完美融合了ASIC的高效性以及CPU/GPU的灵活可编程性优势,是通用计算架构领域的一次重大创新发明。


基于MaPU架构,思朗科技自主研制核心产品“天穹”3D科学计算机,作为软硬协同的科学智能基础设施,拥有全球范围内罕见的微秒级长时间尺度、百万原子级高精度模拟能力,正在源源不断地面向科学智能核心领域提供澎湃算力。





版权声明

本文仅作者转发或者创作,不代表旺旺头条立场。
如有侵权请联系站长删除

发表评论:

◎欢迎参与讨论,请在这里发表您的看法、交流您的观点。

热门